La società MongoDB è stata fondata nel 2007 da Dwight Merriman, Eliot Horowitz e Kevin Ryan, il team dietro DoubleClick.
Presso DoubleClick, la società di pubblicità su Internet ora di proprietà di Google, il team ha sviluppato e utilizzato molti archivi di dati personalizzati per aggirare i difetti dei database esistenti. L'azienda ha pubblicato 400.000 annunci al secondo, ma spesso ha avuto problemi di scalabilità e agilità. Il team si è quindi dedicato alla creazione un database in grado di risolvere i problemi incontrati da DoubleClick.
Così è nato MongoDB.